Le Collège des Bernardins est une structure associative financée par ses activités propres et la Fondation des Bernardins qui réunit les moyens financiers nécessaires à la vie de l’institution. Pour garantir l’unité et la pertinence de son projet, le Collège des Bernardins est structuré autour de deux instances de gouvernance principales :

• Un conseil d'administration, présidé par Monseigneur Michel Aupetit. 
  Il éclaire et valide les decisions et orientations prises par la Direction.
  Membres :
  • Jean Chausse
  • Anne-Laure Dupont
  • Anne Duthilleul
  • Jean-Marc Liduena
  • Laurence Houdeville
  • Laurent Landete
  • François Morinière
  • Dominique Paillard
  • Elisabeth Terrien
  • Michel de Virville
• Une direction, responsable du management et de la conduite opérationnelle de l’Institution.
  Elle est composée de :
  • Mgr. Michel Aupetit, Président
  • Laurent Landete, Directeur Général
  • Jean-François Boisson, Secrétaire Général
  • Claire Laval, Directrice de la communication et du développement
  • P. Dominique Catta, Directeur de l'École cathédrale
  • Laetitia Calmeyn, Directrice de l'Institut Supérieur de Sciences Religieuses
  • P. Philippe de Forges, Directeur adjoint de l'Institut Supérieur de Sciences Religieuses
  • P. Jean-Philippe Fabre, Directeur des Cours Publics et des MOOCs
  • P. Brice de Malherbe, Président de la Faculté Notre Dame
  • P. Olric de Gélis, Directeur du pôle de Recherche
  • Pierre Korzilius, Directeur du pôle Art et culture
  • Jean-Marc Liduena, Président de la Fondation des Bernardins
  • P. Thierry de l’Epine, Conseiller