Le Collège des Bernardins est une structure associative financée par ses activités propres et la Fondation des Bernardins qui réunit les moyens financiers nécessaires à la vie de l’institution. Pour garantir l’unité et la pertinence de son projet, le Collège des Bernardins est structuré autour de deux instances de gouvernance principales :

• Un conseil d'administration, présidé par Monseigneur Alexis Leproux. 
  Il éclaire et valide les decisions et orientations prises par le Comité de Direction.
  Membres :
  • Jean Chausse
  • Anne-Laure Dupont
  • Anne Duthilleul
  • Bertrand de Feydeau
  • Laurence Houdeville
  • Laurent Landete
  • François Morinière
  • Dominique Paillard
  • Elisabeth Terrien
  • Michel de Virville
• Un comité de direction, responsable du management et la conduite opérationnelle de l’Institution.
  Il est composé de :
  • Mgr. Alexis Leproux, Président
  • Laurent Landete, Direteur Général
  • Claire Laval, Directrice de la communication et du développement
  • Jean-François Boisson, Secrétaire Général
  • Laetitia Calmeyn, Directrice de l'Institut Supérieur de Sciences Religieuses
  • P. Jean-Philippe Fabre, Directeur des Cours Publics et des MOOCs
  • P. Emmanuel Petit, Président de la Faculté Notre Dame
  • P. Olric de Gélis, Directeur du pôle de Recherche
  • Bertrand de Feydeau, Président de la Fondation des Bernardins
  • P. Thierry de l’Epine, Conseiller