Etienne de Lexington a souhaité donner aux bâtiments des caractères de discipline et de pauvreté. Malgré les trois niveaux qu’il abrite, le bâtiment a été réduit en hauteur par le semi-enterrement du niveau inférieur, plus bas que d’ordinaire.. Le second niveau a conservé une hauteur à peu près courante et le troisième niveau a été également surbaissé. La réduction de l’ensemble de la hauteur des façades répond à la volonté manifeste d’expliquer l’idéal de pauvreté de l’Ordre.
En effet, pour les cisterciens et Bernard de Clairvaux, l’ascèse et la pauvreté que les moines pratiquent dans leur vie quotidienne constituent l’esprit de Cîteaux que l’architecture doit traduire. Ascèse n’est pas pauvreté, leurs constructions doivent durer, s’affirmer contre le temps.

I La clôture
L’abbaye cistercienne est un lieu clos. L’ensemble des bâtiments se situe à l’abri d’une enceinte. Il n’y a qu’une porte unique surveillée par un portier.
« Les murs de clôture en pierre de taille avaient plus de quatre pieds d’épaisseur, et si fois autant d’élévation. Ils étaient crénelés de place en place comme on en voit encore sur les tours des anciens châteaux forts. (…) Tout le carré de terrain faisant partie du Chardonnet appartenait entièrement aux Bernardins, à l’exception de l’hôtel de Bar et de l’emplacement de l’église saint Nicolas. » (Abbé Daniel. Op.cité => Vicaire à St Nicolas du Chardonnet. 1886)

I L’étage
Ce niveau a toujours été occupé par des dortoirs jusqu’à aujourd’hui. Au début de la vie du Collège, le dortoir ne comporte qu’un cloisonnement bas entre les paillasses mais sans rideau permettant de s’isoler de l’allée centrale, mais  ceux-ci seront installés dès le XIIIème siècle. Le réaménagement de la fin du XVIIIème avec constitution de cellules et modification des percements montre à quel point ce sujet est épineux et provoque des requêtes des moines.

I Le réfectoire
Il y a de longues tables le long des murs et les repas se déroulent dans le silence. Généralement une chaire est installée dans une niche du mur occidental du réfectoire, accessible par un petit escalier réservé dans l’épaisseur du mur. Un lecteur désigné chaque semaine scande en latin des extraits de la Bible. Les moines se rendent au repas en procession.

I Le Cellier
« Complètement souterrain, composé de dix-sept travées d’étendue, de trois-nefs avec trente deux piliers d’ordre roman, mais pas à l’abri des infiltrations quand la Seine débordait, d’où rehaussements. » (Abbé Daniel. Op.cité => Vicaire à St Nicolas du Chardonnet. 1886)